Экспозиция «Древняя история региона» рассказывает о том, каким был юг Западной Сибири с ХХ тысячелетия до н. э. до XVII–XVIII вв. н. э. В витринах представлены экспонаты нескольких эпох: палеолита, мезолита, неолита и эпохи бронзы.
Посетители выставки узнают о том, как был устроен быт древних обществ юга Сибири, чем они занимались для того, чтобы выжить в суровых условиях местности. Вторая часть экспозиции посвящена кочевым и оседлым племенам Западной Сибири, проживавшим здесь в период с V по XVIII вв. н. э.: татары, кыргызы, кыпчаки и телеуты. Перед гостями музея-заповедника предстанут остатки бытовой и военной культуры коренных народов, их достижения до момента прихода русских в Сибирь.
